Les 260 km du récif de Ningaloo soutiennent une autre importante population résidente de dugongs, qui broutent de riches herbiers marins. Observations toute l'année lors des sorties d'interaction marine (requin-baleine, baleine à bosse, raie manta) et des excursions en bateau à fond de verre ou en kayak au départ d'Exmouth et Coral Bay. Les dugongs sont discrets ici et les rencontres sont moins prévisibles qu'à Shark Bay.
