Los 260 km del arrecife de Ningaloo sostienen otra gran población residente de dugongos que pastan en ricas praderas marinas. Avistamientos todo el año en salidas de interacción marina (tiburón ballena, ballena jorobada, raya manta) y en excursiones en barco con fondo de cristal o kayak desde Exmouth y Coral Bay. Los dugongos son discretos aquí y los encuentros son menos predecibles que en Shark Bay.
